Agnese nacque a Praga nel 1211, poiché era nobile, sin da quando era bambina la sua famiglia progettò molte ipotesi di fidanzamento, per ragioni politiche e dinastiche. All’età di tre anni fu affidata alle cure della duchessa di Slesia, che divenne Santa Edvige. Ella l’accolse nel monastero cistercense di Trzebnica e la introdusse alla fede cristiana. Tre anni dopo fece ritorno a Praga e venne poi affidata alle monache premonstratensi di Doksany grazie alle quali ricevette un’adeguata istruzione.
Nel 1220, essendo promessa sposa di Enrico VII, figlio dell’imperatore Federico II Barbarossa, Agnese fu condotta a Vienna presso la corte del duca d’Austria, qui visse sino al 1225 rimanendo sempre fedele ai principi e ai doveri della morale cristiana. Quando il patto di fidanzamento fu rotto ritornò a Praga ove poté dedicarsi ad una più intensa vita di preghiere e di opere caritative. Dopo una matura riflessione, decise di consacrare a Dio la sua vita. Pervennero alla corte di Praga nuove proposte nuziali per la giovane principessa boema, ma ella le rifiutò, protetta dal papa Gregorio IX, che intervenne riconoscendo il suo voto, Agnese ottenne allora la libertà e la felicità di consacrarsi a Dio. In quel periodo giungevano a Praga i Frati Minori, grazie ai quali venne a conoscenza della vita spirituale che santa Chiara conduceva ad Assisi, secondo il modello francescano. Ne rimase affascinata e decise di imitarne ad ogni costo l’esempio: usufruendo dei propri beni fondò tra il 1232 ed il 1233 a Praga l’ospedale di San Francesco e per dirigerlo l’Ordine dei Crocigeri della Stella Rossa. Allo stesso tempo fondò il monastero di San Francesco per le “Sorelle Povere o Damianite”, ove lei stessa entrò l’11 giugno 1234, giorno di Pentecoste.
Agnese professò solennemente i voti solenni di castità, povertà ed obbedienza, pienamente consapevole del valore eterno di questi consigli evangelici, e si impegnò nel praticarli con esemplare fedeltà per tutti i suoi giorni. La verginità finalizzata al regno dei cieli costituì l’elemento fondamentale della sua spiritualità. Lo spirito di povertà, che già in precedenza l’aveva indotta a distribuire ai poveri i suoi beni, la spinse a rinunciare totalmente ad ogni proprietà per seguire Cristo povero ed ottenne inoltre che nel suo monastero si praticasse addirittura l’esproprio collettivo. Lo spirito di obbedienza la condusse a conformare sempre più la sua volontà a quella divina che scopriva nella lettura del Vangelo e nella Regola di vita che la Chiesa le aveva donato. Insieme a Santa Chiara si adoperò per ottenere l’approvazione di una nuova ed apposita Regola che, dopo fiduciosa attesa, ricevette e professò con estrema fedeltà.
Poco dopo la professione Agnese divenne badessa del monastero, ufficio che dovette conservare per tutta la vita, esercitandolo con umiltà e carità.
Negli ultimi anni di vita Agnese sopportò con immutata pazienza i molteplici dolori che afflissero lei e l’intera famiglia reale, il monastero e la Boemia, causati da un infausto conflitto e dalla conseguente anarchia, nonché dalle calamità naturali che si abbatterono sulla regione e la conseguente carestia. Morì nel suo monastero il 2 marzo 1282. Il culto nei confronti di Agnese venne riconosciuto il 28 novembre 1874 con decreto del Beato Pio IX. Il Sommo Pontefice Giovanni Paolo II ha infine canonizzato Agnese di Boemia il 12 novembre 1989 nella Basilica Vaticana.