L’inizio del nuovo secolo vide l’incoronazione in Duomo (26 maggio 1805) di Napoleone I Bonaparte a re d’Italia, al cui volere si deve la conclusione della facciata ad opera di Carlo Amati e Giuseppe Zanoja (1807 – 1814), con il conseguente, però, depauperamento del patrimonio della Fabbrica. Vennero completate le guglie, nelle quali furono collocate circa 1800 statue di santi e molte altre sui fianchi, tutte denuncianti le varie stagioni dello straordinario Romanticismo milanese e si eressero gli altri tre gugliotti. Nella seconda metà del secolo la bottega milanese dei vetrai Bertini completò con nuove vetrate dipinte le vuote occhiaie di molti finestroni e con invasivi restauri e rifacimenti collaborò alla dispersione del patrimonio vetrario soprattutto quattrocentesco.
Maturava nel frattempo nell’opinione pubblica, come nella Fabbrica, il proposito di dare al Duomo una facciata che fosse coerente con il gotico espresso soprattutto nella sua parte più antica. Grazie al lascito di Aristide De Togni (1884), fu bandito un concorso internazionale per una nuova facciata; parteciparono centoventi architetti di tutto il mondo e, in secondo grado (1888) vinse il progetto del giovane milanese Giuseppe Brentano; ma la morte dell’architetto, sopravvenuta l’anno successivo, e il graduale superamento della cultura romantica bloccarono i lavori e venne conservata la facciata esistente. Essa rappresenta così un genuino documento storico delle vicende del nostro Duomo e dei vari orientamenti culturali che in tre secoli si sono succeduti.