Patrick O’Malley è nato a Lakewood (Ohio) il 29 giugno 1944, da una famiglia di origine irlandese che poco dopo si è trasferita ad Herman (Pennsylvania). A 12 anni è entrato in un Seminario minore francescano e a 21 anni ha emesso la prima professione con i voti semplici, entrando a far parte dell’Ordine dei Frati Minori Cappuccini e assumendo il nome di Sean, in onore di San Giovanni.
Dopo un breve periodo come diacono nell’Isola di Pasqua, ha ricevuto l’ordinazione sacerdotale il 29 agosto 1970 ed è stato trasferito a Washington, dove ha insegnato letteratura spagnola e portoghese all’Università. Nel 1973 ha fondato il Centro Católico Hispano, un’organizzazione per l’assistenza umanitaria ai profughi e immigrati dell’America Latina. Nel 1978 è stato nominato vicario episcopale foraneo per Washington.
Nel 1984 è stato designato vescovo coadiutore della diocesi di Saint Thomas, nelle Isole Vergini Americane, succedendo come vescovo diocesano un anno dopo. Il 16 giugno 1992 è stato nominato vescovo di Fall River (Massachusetts). Nel 2002 è stato trasferito alla diocesi di Palm Beach (Florida), ma già nel luglio 2003 Giovanni Paolo II l’ha nominato arcivescovo metropolita di Boston. Benedetto XVI l’ha elevato al rango di cardinale con il titolo presbiterale di Santa Maria della Vittoria nel Concistoro del 24 marzo 2006.
Nel giugno 2010 è stato incaricato di visitare alcuni Seminari e diocesi irlandesi dopo la pubblicazione dei rapporti sugli abusi su minori all’interno della Chiesa cattolica locale. Nel 2012 è intervenuto al Congresso teologico pastorale nell’ambito dell’Incontro mondiale delle famiglie di Milano con una relazione dal titolo “Santificare la Festa. La Famiglia nel Giorno del Signore” (nel box in alto a sinistra, in allegato un servizio filmato).
Il 13 aprile 2013 papa Francesco l’ha nominato membro del gruppo di cardinali chiamati a consigliarlo nel governo della Chiesa universale e a studiare un progetto di revisione della Curia romana. Dal 22 marzo 2014 è membro della Pontificia commissione per la tutela dei minori istituita dal Pontefice.