Tra i cimeli più antichi, l’Archivio Storico Diocesano conserva alcuni documenti risalenti all’età comunale, come ad esempio l’atto pergamenaceo con il quale l’Arcivescovo Robaldo concede al prevosto della Valtravaglia il trasferimento in una località meno deserta e più popolata della chiesa matrice plebana (4 marzo 1137). Il documento in parola è sottoscritto anche da San Galdino della Sala, futuro Arcivescovo, a quel tempo semplice cancelliere.
L’Archivio Storico Diocesano (l’esempio testé portato serva a conferma del dato) conserva relativamente pochi documenti originali redatti prima dell’arrivo di San Carlo Borromeo in Diocesi (1565). Infatti pare che i documenti di pertinenza della Curia Arcivescovile fossero conservati presso gli officiali che li avevano prodotti o rogati, in particolare presso gli Avvocati fiscali, i Promotori dei Legati Pii, il Cancelliere Arcivescovile, il Notaio attuario ed i funzionari dei vari Tribunali.
Per ovviare a tale dispersione documentaria San Carlo Borromeo emanò un ordinamento secondo il quale i diversi fondi fossero tutti ubicati presso la Curia Arcivescovile di Milano. Da una nota dell’archivista G.B. Corno († 1690) apprendiamo che l’ordinamento stabilito da San Carlo fu completamente sconvolto nel 1609 a causa di un improvviso trasloco. L’Archivio della Curia Arcivescovile di Milano fu poi però pazientemente riordinato dal predetto Corno secondo un proprio criterio che tuttavia non è possibile riscostruire a motivo delle scarse informazioni in nostro possesso. Il Corno scelse di raccogliere alcune sezioni dell’Archivio, specialmente quella relativa alle Visite Pastorali ed al Carteggio Ufficiale, in volumi ben legati con copertina pergamenacea. Nel 1727 e nel 1747 avvenne un riordinamento parziale per la necessità di collocare con un certo ordine i fondi che provenivano dalle Cancellerie dei tribunali (spirituale, civile e criminale). Al tempo del Cardinale Pozzobonelli (1743-1783) l’Archivio della Curia Arcivescovile di Milano era costituito da serie così cospicue da essere chiamate a loro volta “archivi”. Vi era l’Archivio Segreto (le prerogative ed i privilegi dell’Arcivescovo), l’Archivio delle Visite Pastorali, l’Archivio della Mensa Arcivescovile, l’Archivio Beneficiario e Notarile che era costituito dai documenti provenienti dagli uffici dell’Attuario Generale, dal Promotore dei Legati, dall’Avvocato Generale.
Con il 1770, per disposizione dell’autorità civile, il Governo di Vienna, si andò costituendo (noi parleremmo oggi di una banca-dati anagrafica centralizzata) l’Archivio dei Duplicati, contenente le copie degli Atti di battesimo, di matrimonio e di morte di tutte le parrocchie.
Nel 1848 il palazzo Arcivescovile fu occupato dalle truppe austriache che lasciarono i documenti custoditi presso l’Archivio della Curia Arcivescovile di Milano in uno stato di grave confusione. Con grande coraggio e amore l’archivista canonico Aristide Sala (1825-1893) ideò un nuovo ordinamento ossia «[…] scompartire tutte le Scritture per materie» che tuttavia non fu sempre osservato con coerenza. Anche se il Sala non potè portare a compimento il proprio progetto; esso venne sommariamente ripreso da altri secondo il titolario che di seguito riportiamo. Sez. 1 Ufficio dell’Archivista; sez. 2 Atti del Foro Ecclesiastico; sez. 3 Atti della Cancelleria (Ordinazioni, Monache ed educande, Confraternite); sez. 4 Circolari Ecclesiastiche e Civili; sez. 5 Protocolli, repertori e registri dei diversi Uffici; sez. 6 Atti sinodali e delle Congregazioni dei Vicari Foranei; sez. 7 Atti circa i Sacri Riti, le Feste, l’Ufficio e la Canonizzazione dei Santi, le Reliquie ecc.; sez. 8 Disciplina Ecclesiastica; sez. 9 Carteggio Ufficiale degli Arcivescovi; sez. 10 Visite Pastorali e documenti aggiunti; sez. 11 Seminari; sez. 12 Ordini religiosi e Congregazioni; sez. 13 Ospedali, Collegi, Stabilimenti, Confraternite; sez. 14 Libreria; sez. 15 Pergamene, diplomi, autografi; sez. 16 Varietà.
Nella sua trentennale attività (1956-1986), mons. Ambrogio Palestra, articolò l’immensa massa documentaria secondo un nuovo ordinamento, rispettando tuttavia sostanzialmente quello del Sala. Pur essendo molto cambiati i tempi, dal sec. XIX ai nostri giorni, la suddivisione risalente al Sala è ancor oggi utile ed è ancor oggi seguita.
Nel 1985 l’Archivio Storico Diocesano fu trasferito dalla sede della Curia Arcivescovile (piazza Fontana, 2) alla non più officiata Basilica di Santo Stefano in Brolo e, nel 2002, dopo prolungate riflessioni ed attente valutazioni, fu allogato presso un nuovo edifico (via San Calimero 13) confinante con la Basilica di San Calimero. In conformità a quanto stabilito dal Nuovo Codice di Diritto Canonico del 1983 can. 491, §2, la nuova sede ha accolto non solo fondi archivistici prodotti da soggetti ecclesiastici collegati con l’Arcidiocesi, come ad esempio la Fondazione Oratori Milanesi, ma anche fondi in deposito temporaneo per agevolarne la consultazione, come, puta caso, le carte dell’ormai disciolta Democrazia Cristiana ecc.