In Diocesi di Milano era arrivato per la prima volta, in veste ufficiale, quale Visitatore Apostolico dei Seminari della Provincia Ecclesiastica, dal 1926 al 1928; poi, dopo nemmeno un anno, vi sarebbe tornato per sempre come Arcivescovo. Aveva lavorato bene, anche a Milano, l’abate Schuster ed era quasi ovvio pensare – più di uno, tra gli ecclesiastici e i giornalisti, lo fece – che Pio XI lo ritenesse adatto a guidare la Chiesa ambrosiana. È, infatti, l’estate del 1929 quando il Papa brianzolo, in uno strettissimo giro di tempo, già segna il futuro ambrosiano di Schuster, nominandolo arcivescovo di Milano il 26 giugno, creandolo cardinale il 15 luglio e ordinandolo vescovo il 21 luglio. L’8 settembre 1929 il nuovo Pastore, a nemmeno cinquant’anni – era nato a Roma il 18 gennaio 1880 -, farà il suo ingresso solenne a Milano.
Inizia così un quarto di secolo di Magistero indimenticabile, che vede la costante presenza di Schuster in ogni angolo della sua Chiesa, attraverso lo strumento privilegiato della Visita pastorale (compiuta ben cinque volte), ma anche con la consacrazione di 275 chiese e l’ordinazione di 1265 sacerdoti.
Anni difficili, quelli vissuti sulla Cattedra di Ambrogio e Carlo, fin dal 1931, quando l’attrito col fascismo diviene manifesto allorché il regime pretende di sciogliere le Organizzazioni cattoliche. Sono i roventi momenti del dissidio sull’Azione Cattolica, che vedono Schuster in prima linea. Mai, d’altra parte – come si legge in una riservatissima informativa del Regime – «l’Arcivescovo di Milano tacerà», come quando, il 13 novembre 1938, prima domenica d’Avvento, in un Duomo gremito il Cardinale pronuncia un’omelia destinata a diventare famosa, quella contro il razzismo definito «Eresia antiromana e anticristiana». A Milano la voce è di Schuster, ma si sa che è il Papa ad aver deciso così: non serve, due giorni dopo le leggi razziali diverranno inesorabilmente leggi dello Stato, ma c’è chi ha avuto il coraggio di parlare.
Ma certo è negli anni della Seconda guerra mondiale che il Beato Schuster assume quel ruolo di Defensor civitatis che gli sarà poi universalmente riconosciuto. Si adopera, infatti, in ogni modo per la “sua” gente: in Curia istituisce un Ufficio informazioni per militari e dispersi; soccorre i sinistrati; dirige personalmente lo smistamento di scatoloni di aiuti ammassati fin sulla soglia della sua camera; non abbandona mai Milano, nemmeno durante i tragici bombardamenti del ferragosto 1943; nei mesi sempre più “neri”, in tutti i sensi, della Repubblica sociale aiuta ebrei e chiunque sia caduto nelle maglie del terrore nazifascista (basti pensare ai tanti reclusi a San Vittore per cui l’Arcivescovo intercede). Infine, il 25 aprile 1945, la sua concreta mediazione fa dell’Arcivescovado il luogo dove si decidono le sorti dell’intero Paese. Accoglie Mussolini e i responsabili del Cln Alta Italia, per un colloquio passato alla storia. Solo lì, in quelle stanze percorse ordinariamente dal silenzio e dalla fede di un uomo superiore, era possibile incontrarsi. Poi verrà il dopoguerra della ricostruzione delle case e dei cuori: ancora un susseguirsi, senza tregua, di iniziative.
La preghiera continua del «monaco benedettino prestato a Milano» si ferma solo di fronte alla morte che giunge all’alba del 30 agosto 1954, in quel Seminario di Venegono tenacemente voluto e amato. I suoi funerali dal Seminario a Milano e, infine, in Duomo – dove l’orazione funebre è tenuta dal patriarca di Venezia, Angelo Roncalli – sono un trionfo di popolo che già lo onora come santo. Di quelli di fronte ai quali, ancora oggi, «la gente si inginocchia e prega».