Giovanni Paolo II, recandosi il 16 novembre 1999 alla Pontificia Università Lateranense per l’inaugurazione dell’anno accademico, nel discorso di saluto si soffermò, tra l’altro, sulla dimensione fortemente internazionale dell’Università e su quelle istituzioni accademiche che, nei diversi continenti, sono a essa variamente collegate.
Fedele a questi orientamenti, il rettore Scola lavorò instancabilmente per traghettare la Lateranense nel terzo millennio, mirando a valorizzare e sviluppare la qualità scientifica e pedagogica delle proposte formative dell’Ateneo: ampliò il corpo docente, introdusse le figure dei docenti a contratto e dei visiting professors, creò il Centro Interdisciplinare Lateranense, curò in modo particolare il legame tra docenti e studenti attraverso l’introduzione dei tutor.
Puntò decisamente sulla ricerca, realizzando Aree internazionali, Cattedre autonome, il Centro studi sul Concilio Vaticano II e la Casa editrice Lateran University Press. Si adoperò, inoltre, per assicurare il diritto allo studio: sostenne le Chiese e gli studenti bisognosi, istituì la Fondazione Civitas Lateranensis e il Collegium Lateranense, dove sono ospitati studenti borsisti provenienti da ogni parte del mondo.